营业税改增值税（以下简称营改增）是指以前缴纳营业税的应税项目改成缴纳增值税，增值税只对产品或者服务的增值部分纳税，减少了重复纳税的环节。从2016年5月1日起，“营改增”在所有行业全面实施，涉及的行业包括部分现代服务业，高校研发活动和技术服务属于现代服务业，因此高校纳入本次“营改增”的范围。
第一，税率变化导致税负变化。
被认定为小规模纳税人的高校研发活动和技术服务，原来是按5%的税率征收营业税，现在改征增值税，税率为3%，从税率来看，税负下降幅度达到40%。高校科研经费的税负压力会明显降低，对高校科研事业的发展有明显的促进作用。被认定为一般纳税人的高校研发活动和技术服务，由征收营业税改为增值税，税率由5%改为6%，单从税率上看，税负有所增加，但实际情况又有两种。一是部分高校税负能降低。因为一部分高校可以通过进项税额抵扣来降低实际税负，“营改增”之前，高校交纳营业税，在采购阶段所包含的增值税进项税额不能抵扣，计入了成本;而“营改增”之后，高校交纳增值税，采购材料、购进设备的进项税额，可以抵扣，实际交纳的税金会减少，因此税负会有所降低。另外部分高校税负略有增加。一些高校由于未取得增值税专用发票，进项税额不能抵扣。再加上高校的人工成本、交通费等不能抵扣的项目所占份额较高，所以税负会有所增加。
第二，发票使用的变化。
“营改增”后，税收征管机关由地方税收征管机关变更为国家税收征管机关，发票的管理更为严格。“营改增”后，原来开具营业税制下服务业发票的高校研发活动和技术服务，现在需要开具增值税发票。如果高校被认定为一般纳税人，那么他们既可以使用增值税普通发票，又可以使用增值税专用发票，但使用增值税专用发票时需要符合税务机关的相关规定;如果高校被认定为小规模纳税人，那么就只能使用增值税普通发票，不能使用和开具增值税专用发票。对于小规模纳税人来说，如果对方单位需要增值税专用发票，就要向主管税务机关申请，由主管税务机关代开增值税专用发票。
第三，税务申报的变化。
“营改增”后纳税申报的主体机关由地方税务局改为国家税务局，纳税申报表的填写更为复杂，纳税申报的程序也增多了。小规模纳税人的增值税纳税申报程序比较简单，与申报营业税的程序差不多，而一般纳税人的增值税申报流程就比较繁琐，其申报流程主要有两步。一是抄税，纳税人在进行增值税纳税申报时，同时要对当月开具的增值税发票信息进行抄税，主管税务机关将会比对IC卡的抄报数据和销项税额的申报数据。二是认证，对于取得的增值税进项税额，纳税人需要在规定期限内对增值税专用发票进行认证，认证通过后才能抵扣，未通过认证的或者超过规定期限未进行认证的，增值税的进项税额不能抵扣。主管税务机关也将比对纳税人申报的进项税额数据和认证数据，如果不一致，进项税额也不能抵扣。
第四，会计核算的变化。
增值税的会计核算方法与营业税有本质区别，营业税是价内税，增值税是价外税，核算增值税时，要将货物销售价格和增值税额分开核算。增值税一般纳税人取得的收入，如果是含税收入，核算时应将含税收入按照适用的税率换算成不含税的收入，计算出相应的销项税额。如果外购货物和接受劳务，取得的增值税进项税额可以抵扣，则要将取得的外购货物等按照不含税的价值入账，并单独确认增值税进项税额。
基于以上问题，高校配合“营改增”实施应切实做好以下工作：
一、要加强增值税的纳税筹划。
虽然“营改增”的根本目的是降低行业整体税负，但是在税改过程中部分纳税人税负增加的情况也可能出现。实际税负的高低，受到单位自身内部因素和相关税收优惠政策等外部因素的共同影响，因此单位要降低税负，既要做好单位内部的管理工作，又要充分利用税收优惠政策，积极进行纳税筹划。认定为一般纳税人的高校要想避免税负增加，应该适当提高可抵扣进项税额在科研收入中的比例，减少不可抵扣的现象;尽量取得合法抵扣凭证，即使是属于可以抵扣进项税的支出，也要取得合法的抵扣凭证;尽量少选择不能开具增值税专用发票的供应商，以减少不能取得增值税专用发票的情况。
二、要规范发票管理。
相比营业税服务业地税发票，税务部门对增值税专用发票的管理和稽查更加严格。高校要制定出相应的发票管理制度，对增值税发票的开具、使用和核销进行严格管理，保证高校日常业务活动的正常开展。增值税存在进项税额可以抵扣，减少应纳税额的问题，税务部门对于可以抵扣的进项税审查很严格，对发票抵扣联的管理也很规范，因此高校必须对取得的可以抵扣的增值税专用发票进行严格审查，认真核对相关发票信息，以便及时更正发现的错误信息，保证取得的专用发票都能抵扣。
三、要重视申报流程的变化。
小规模纳税人的纳税申报程序比较简单，操作起来比较容易，不需要进行系统学习。一般纳税人的纳税申报环节多，纳税申报表的结构比较复杂，因而对计算机硬件的要求比较高，对相关人员的计算机操作要求也比较高。高校不仅要提高相关硬件的配置，而且要加强相关人员对财务软件、税务软件的学习。单位要重视税务机关组织的相关操作培训，督促相关人员积极参加培训、认真学习，以减少申报过程中的失误，保证单位的税务申报工作顺利进行。
四、要提高财务管理水平。
“营改增”后，单位的会计核算比以前更复杂，高校为更好的适应税制改革，就必须及时对单位的会计核算管理制度做出相应的调整。随着会计核算的变化，高校的财务报表也会发生相应变化，为了更加及时、准确地分析单位的财务状况，在财务管理方面，高校还应该加强对财务人员的培训，进一步提高相关财务管理人员的业务水平。
